在合金弹头3D这个故事里，古文明和现代战争正面撞上了。一开始，马克和塔尔玛出去巡逻，结果撞到了叛军的秘密据点。飞机离地面还不到一百米，雷达突然报警，无数道激光打下来。马克马上让塔尔玛掉头回基地叫援军，自己冲进去切断叛军的通讯线路。 回了基地后，情况更糟。正规军差不多全军覆没，马克跑回去一看，指挥大楼只剩下焦土。剩下的士兵说是叛军绕过雷达死角，半夜把他们围住了，炮火打得太快。塔尔玛、英里还有菲奥都不见了。 幸好物资配送员相川留美没死，她像幽灵一样在废墟里找东西，把弹药和情报给了马克。有了她的帮忙，剩下的部队重新组起来了。马克、塔尔玛、英里、菲奥四个人又聚到了一起。 马克查到叛军变强背后有个叫奥格玛的企业在撑腰。它的老板是个博士，往叛军那边输送高科技和钱。大家不知道他的真正目的是什么。 铁四角带着相川留美准备的东西又杀回去了，把摩登的公开据点给毁了。但摩登没跑掉，他说底牌在南极。那里是个秘密实验室，藏着能控制时空的“阿拉托尔”。十年前摩登还在正规军的时候发现了南极遗址，启动控制器后显示了人类看不懂的符号。现在这个东西成了摩登最后的救命稻草。 奥格玛闯进实验室一看，这台控制器就是达南族人在三亿年前遗失的文明核心——图阿汗·德·达南的东西。 原来达南族在2亿9千万年前快要灭绝了，就造了“鲁格斯”和“夫留”两套历史记录器。如果未来3亿年内生物进化到头了，记录器就会自动重启历史；要是还不行，就把现在的路当作正确路线接着走。每次实验重启，他们就回到3亿年前微调一下“蝴蝶效应”，想找出一条永生的路。结果时空实验太多次叠加后，记录器有了自我意识变成了怪物。 奥格玛启动了阿拉托尔，鲁格斯和夫留都醒了过来。正规军先干掉了鲁格斯，夫留却把同伴吞了变成巨大的肉球。炮弹打不透、激光也没用——人类科技在它面前像纸片一样脆弱。 马克质问奥格玛：“为什么要抹掉三亿年的挣扎？”奥格玛反问：“顺其自然就不会有消失的种族。” 相川留美开着最新型的Metal Slug冲进肉球给队友争取时间；奥格玛也不用族人科技压制夫留换大家逃命。爆炸的时候基地塌了，夫留也跟着消失了——达南族和他们的文明一起沉入了深渊。 在彩蛋里相川留美完成任务后又上路了；她看着时空之门对突然出现的奥格玛说：“我们曾试图掌控进化结果只是加速灭亡。”奥格玛把两套历史记录器交给她：“答案交给你们人类自己去找。”然后进了时空之门再也没出现。 这个故事没写进正史里但留下了沉思：当科技能重启宇宙时人类该不该把生存押在神明的按键上？爆炸声远了废墟上新的战争又开始了——合金弹头系列永远不停歇地循环着。