2002年，博丽灵梦给上海アリス幻樂団带来了一部令人难以忘怀的作品，《东方红魔乡》在那个夏天，一次把吸血鬼打到“抱头蹲防”的异变事件。这个夏天，幻想乡陷入了一片血红的迷雾之中。阳光被阻断，整个世界仿佛笼罩在一种诡异的氛围之中。为了揭开真相，博丽灵梦和雾雨魔理沙踏上了她们的调查之路。从博丽神社出发，两人很快就遇到了阻拦她们的宵暗妖怪露米娅。这个举止怪异的妖怪手里高举着类似十字架的东西，魔理沙忍不住调侃她的姿势像是“人类十进制”。露米娅头上戴着一条发带，其实是符咒，但她怎么也摘不下来。赶走露米娅之后，两人来到了湖边。湖边出现了两只妖精——大妖精和琪露诺。大妖精原本只是游戏中的“杂鱼”，但因为玩家们的热爱而人气爆棚；琪露诺则因为她自称最强却总是到处恶作剧而被称为“笨蛋⑨”。她的冰符“Icicle Fall”在Easy模式下几乎无法伤害到主角，好像机枪手扫射却打不中站在面前的敌人。 离开湖边后，两人来到了红魔馆门口。红美铃站在那里看守着洋馆，她是红魔馆的看门人也是东方少数带有中国风格的人物之一。红美铃擅长操纵气劲和拳脚功夫，虽然有时候会偷懒但她的实力依然不容小觑。进入图书馆后两人遭遇了小恶魔和帕秋莉·诺蕾姬。小恶魔也是一个原本不起眼的“杂鱼”，但因为玩家们的喜爱而被保留下来。帕秋莉是一个掌握各种魔法的避世少女，却因为贫血和哮喘常常在吟唱过程中停下脚步。 红魔馆内部住着各种各样的生物——妖怪、魔女还有吸血鬼。其中最引人注目的是十六夜咲夜——一个能让时间暂停、减速和加速的女仆长。咲夜是红魔馆里唯一的人类女仆长，她可以连续投掷99枚飞刀而不会停歇。咲夜有一张符卡“幻世「The World」”，这张符卡在Hard难度以上才能解锁，这张符卡致敬了JOJO的奇妙冒险中的名场面——咲夜和Dio的女儿梗由此而来。 击败咲夜后蕾米莉亚·斯卡蕾特——永远的鲜红幼月出现在了舞台中央。这个500岁的吸血鬼大小姐发动异变只是为了遮阳避免阳光直射。蕾米莉亚拥有操纵命运、蝙蝠化、再生和吸血等强大能力。看似威严满满的她却在战斗中被魔理沙问出了吃面包数量这样尴尬的问题；关键时刻抱头蹲防更是把她的威严碎了一地。最终蕾米莉亚被主角们联手击败了，红雾退散幻想乡重新迎来了阳光。 异变平息后蕾米莉亚前往博丽神社拜访灵梦。就在她准备离开时却发现只有红魔馆上空下雨——这是帕秋莉施法困住妹妹芙兰朵露的证据。为了调查真相巫女和人类魔法使再次踏入了红魔馆……故事并没有真正结束。