故事从2002年开始说起，安西信行在小学馆的《周刊少年Sunday》上连载了漫画《烈火之炎》。这部作品讲的是烈火与魔导具交织的四百年宿命，把忍者的冷兵器时代和魔导具的蒸汽朋克未来缝在了一起。烈火是一个普通的高中生，虽然他对战国时代的历史着迷，甚至能从掌心放出火焰，但同学们都嘲笑他是个“中二病”。在一次偶然的机会中，烈火遇到了拥有治愈能力的佐古下柳，两人从此结下了缘分。为了保护小柳，烈火决定成为她的专属忍者。然而，在废旧工厂里，神秘女子影法师出现了，识破了烈火的秘密并打伤了他们两人。影法师用“不死之身”调侃着离开，但这场战斗给之后埋下了更多恩怨。 回到四百年前，织田信长进攻火影忍军时，第二六代首领樱火为了防止魔导具落入敌手，命令全军禁用一切魔导具。结果整个樱火一系全军覆没。樱火的妻子阳炎为了保护儿子烈火耗尽生命力施展时空转移术把他送到现代，还把同父异母的哥哥红丽也给送走了。阳炎因为这次使用禁忌之术被诅咒困住时空夹缝里，一直寻找孩子。 现代序章里，烈火十六岁了还是个普通高中生，但对战国乱世有着浓厚兴趣。虽然他能够释放掌心火焰却常被嘲笑为“中二”。一次偶然机会救助了拥有治愈能力少女佐古下柳，并因此决定成为她专属忍者称她为公主。废旧工厂里神秘女子影法师现身并打退二人之后给之后埋下恩怨引线。 烈火童年玩伴雾泽风子对“烈火成为别人忍者”感到不满并接受影法师魔导具风神化身傀儡杀手挑战烈火但是关键时刻土门挺身而出合力救回风子让烈火明白魔法与科技背后都有代价在付出。帅气侦探水镜冻季也目睹交手误以为与姐姐美冬遇害有关便用阎水魔导具问罪关键时刻小柳保护烈火烧伤并使水镜想起姐姐而收手隔天因败北陷入低谷但救回小柳后再次挑战获胜。 为了了解“火影”传说拜访代课老师立迫文夫揭开战国时代神秘忍军并非真实存在而是历代首领为了守护火之魔导具而编造传说在此时红丽手下小金井薰与永井木莲突袭掳走小柳与立迫老师还重创烈火烧伤并重伤夫人烈火集结风子土门水镜四人向红丽老巢进发…… 穿越四百年时光列车窗外闪过战国石墙车厢里少年们紧握魔导具四百多年前樱火决绝阳炎永恒守望红丽野心水镜遗憾还有他们自己成长所有线索都指向终局真相点燃故事戛然而止留下无限想象——下一站他们又将面对怎样命运？